El nombre proviene de la palabra quechua costeña “Manqu marca” que significa “pueblo de los señores”. Mangomarca es una especie de centro urbano o ciudadela prehispánica que por su monumentalidad, extensión y características únicas en la localidad debió ser la capital o centro político.
Pudo haber sido ocupado desde la época Chavín debido a que los cimientos de la estructura están sobre piedra. Fue un centro poblado en la época Wari teniendo cierta vinculación con Cajamarquilla.
A la llegada de los Ruricancho Mangomarca se convirtió en un importante centro ceremonial y político, pero a la llegada de los españoles quedó abandonado.
El poblamiento de esta zona fue alrededor de los 300 dC, su ocupación más notoria ocurrió entre los 1000 y 1450 dC época en que prosperaron los Ruricancho y luego con la ocupación Inca entre 1460 y 1535 dC.
La ciudad fue arrasada en los años 50 y 60 del siglo pasado para usarlos como área agrícola y luego lotizada con fines de vivienda.