La Quebrada de Canto Grande es hidrológicamente una quebrada fósil, no hay evidencia de funcionamiento en los últimos 50 años, el agua superficial era llevada por un canal principal cuya fuente era el Rio Huaycoloro en la zona de Huachipa. San Juan de Lurigancho forma parte del valle del Río Rímac, el cual sirve como límite natural, dividiendo al distrito con el del Agustino, y una pequeña franja con Cercado de Lima; en su recorrido por los límites del distrito se encuentra contaminado, además se observa la acumulación de basura por las orillas de este y en algunos casos sirve como receptor de aguas servidas de fábricas y viviendas. Además existe otro río que es afluente del Rímac llamado Huaycoloro, límite natural con el Centro Poblado de Santa María de Huachipa.